Des scientifiques alertent sur la propagation d’une nouvelle variante de coronavirus

Keystone / Javier Fuentes

Une mutation génétique du Sars-Cov-2 a été découverte par des chercheurs. Elle se serait développée en Espagne et se serait propagée cet été avec les vacanciers.

Une variante de coronavirus détectée d’abord chez des ouvriers agricoles en Espagne se propage rapidement en Europe depuis cet été. Elle concerne désormais la majorité des nouveaux cas de Covid-19 dans plusieurs pays — près de 80% au Royaume-Uni. Une équipe internationale de scientifiques qui suit de près les mutations génétiques du Sars-Cov-2, le virus qui cause la Covid-19, a documenté l’extraordinaire diffusion de cette variante, appelée 20A.EU1, dans un article publié jeudi. Leur travail suggère que les individus revenus de vacances en Espagne ont joué un rôle-clé dans la transmission du virus à travers l’Europe. Cette étude pose la question suivante: la deuxième vague qui frappe maintenant le continent de plein fouet aurait-elle pu être limitée en améliorant le dépistage dans les aéroports et autres pôles de transports?

Comme chaque variante possède sa propre signature génétique, il est possible de suivre sa trace jusqu’à son lieu d’origine. «D’après la propagation de 20A.EU1, il semble clair que les mesures [de prévention] mises en place étaient souvent insuffisantes pour stopper la transmission de cette nouvelle variante apparue cet été», affirme Emma Hodcroft, spécialiste de l’évolution génétique des virus à l’Université de Bâle et auteure principale de cette étude, qui doit encore être publiée dans une revue avec évaluation par des pairs. L’équipe de scientifiques suisses et espagnols tente maintenant de rapidement examiner le comportement de cette variante, afin d’établir si elle pourrait être plus mortelle ou plus contagieuse que d’autres souches. Emma Hodcroft précise qu’«il n’y a pas de preuve que la propagation [rapide] de cette variante provienne d’une mutation qui augmenterait la transmission ou influencerait les résultats cliniques». Mais elle souligne que 20A.EU1 ne ressemble à aucune version du Sars-Cov-2 qu’elle a rencontrée jusqu’ici. «Je n’ai observé aucune variante avec ce type de dynamique depuis que j’ai commencé à étudier les séquences génomiques du coronavirus en Europe», souligne la chercheuse.

Les scientifiques travaillent avec des laboratoires de virologie, afin de déterminer si 20A.EU1 transporte une mutation particulière dans la protéine que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines. Ce qui pourrait modifier son comportement. Tous les virus développent des mutations — des changements de leur code génétique — qui peuvent être regroupées dans de nouvelles variantes et de nouvelles souches. Une autre mutation du Sars-Cov-2, nommée D614G, a déjà été identifiée par des chercheurs, qui pensent que cette modification rend le virus plus infectieux. Joseph Fauver, un épidémiologiste spécialisé en génétique à l’Université de Yale et non impliqué dans la nouvelle recherche publiée jeudi, déclare: «Nous avons besoin de plus d’études de ce type pour trouver les mutations qui sont devenues fréquentes au sein de la population et les décortiquer afin de déterminer si elles rendent le virus plus transmissible.»

La nouvelle variante, qui présente six différentes mutations génétiques, est apparue en juin au nord-est de l’Espagne parmi des ouvriers agricoles et s’est rapidement propagée au sein de la population locale, révèle l’étude. Tanja Stadler, professeure d’évolution computationnelle à l’École polytechnique fédérale de Zurich et membre de l’équipe qui a publié la nouvelle étude, explique que l’analyse des échantillons de virus prélevés dans toute l’Europe ces dernières semaines montre qu’ils dérivent tous d’une même variante.

«Nous constatons que le virus a été introduit à de multiples reprises dans plusieurs pays et qu’un certain nombre de ces intrusions ont conduit à une propagation au sein de la population», développe Tanja Stadler. Iñaki Comas, responsable du consortium SeqCovid-Espagne et co-auteur de l’étude publiée jeudi, ajoute: «Une variante, favorisée par un événement initial super-propagateur, peut rapidement devenir prévalente.» Les chercheurs concluent que les vacanciers en Espagne ont favorisé la propagation de la nouvelle variante avec leurs «attitudes à risques», comme le fait d’ignorer les règles de distanciation sociale, et en maintenant «ce type de comportement une fois de retour à la maison».

L’étude montre que la nouvelle variante concerne plus de 8 cas sur 10 au Royaume-Uni, 80% des cas en Espagne, 60% en Irlande et jusqu’à 40% en Suisse et en France. Des mesures de confinement rigoureuses en début d’année ont permis de maîtriser la flambée initiale de Covid-19 et les nouveaux cas ont sensiblement diminué durant l’été. Mais le virus s’est à nouveau rapidement propagé à travers l’Europe ces dernières semaines, obligeant les gouvernements à réintroduire des restrictions douloureuses des activités sociales.

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